Un pesticide interdit ne disparaît pas du milieu aquatique au moment de son retrait du marché. Il se dégrade, lentement, en molécules filles, les métabolites, dont certains persistent dans les sols et les nappes pendant des décennies et dont la toxicité propre est souvent mal évaluée au moment où le produit parent a été autorisé. C'est précisément cette trajectoire que révèle le cas du chlorothalonil : fongicide largement utilisé jusqu'à son interdiction européenne en 2019, il a laissé dans les eaux souterraines françaises son métabolite R471811, désormais classé comme potentiellement mutagène par l'ANSES, dont la présence au-dessus des seuils a conduit depuis 2022 à la fermeture de nombreux captages. Les habitants alimentés par ces captages ont parfois attendu plusieurs mois avant que des solutions alternatives soient déployées.
Ce dossier traite des pesticides et de leurs métabolites dans les eaux brutes et les eaux distribuées. Il couvre les mécanismes de contamination, les voies de transfert depuis les parcelles agricoles vers les eaux de surface et les nappes, et les délais qui séparent une application en surface d'une détection dans un forage profond. Ces délais, parfois supérieurs à vingt ou trente ans, font que les nappes portent encore aujourd'hui la trace de pratiques agricoles des années 1980 et 1990 : atrazine interdite en France depuis 2003, lindane (HCH), diuron. La difficulté n'est pas seulement analytique (détecter des molécules à des concentrations de l'ordre du nanogramme par litre) ; elle est aussi politique, car relier une contamination à une source revient à désigner une responsabilité.
La réglementation applicable mérite d'être précisée. La valeur paramétrique pour les pesticides individuels dans l'eau du robinet est fixée à 0,1 microgramme par litre, non pas parce que ce seuil correspond à une limite sanitaire calculée, mais parce qu'il représente le niveau de détection analytique disponible lors de la rédaction de la directive eau potable de 1980. Ce point est rarement explicité dans les communications publiques. Pour les métabolites dits « non pertinents » (ceux dont la toxicité n'est pas établie), un régime dérogatoire permet de fixer des valeurs plus hautes ; la classification d'un métabolite comme pertinent ou non pertinent peut prendre plusieurs années après sa détection généralisée.
Le dossier aborde également les perspectives de moyen terme : le lien entre pratiques agricoles, artificialisation des bassins versants et qualité des eaux de nappe, les obligations qui découlent du bon état des masses d'eau fixé par la directive-cadre sur l'eau de 2000, et les outils de reconquête de la qualité de l'eau brute par la protection des captages (périmètres de protection, actions agro-environnementales, paiements pour services environnementaux). Les limites de chaque source mobilisée sont indiquées ; les données qui ne peuvent pas être rattachées à un rapport précis sont signalées.
