Une autre manière de partir suit l'écologie plutôt que l'hydrographie. Les hydro-écorégions de l'INRAE (Wasson et al., 2002) découpent la France selon la géologie, le relief et le climat, les trois facteurs qui commandent le fonctionnement des cours d'eau. Agréger ces hydro-écorégions de niveau 1 en ensembles gérables donne un découpage à forte cohérence écologique.
Ce que cette piste apporte : des unités homogènes du point de vue du milieu, cohérentes avec la vie aquatique et la qualité des eaux.
Ses limites : les hydro-écorégions décrivent le milieu, pas la gestion de l'eau. Elles ignorent la logique amont-aval du bassin versant, si bien qu'une même hydro-écorégion peut s'étendre sur plusieurs bassins sans lien hydraulique entre eux. Pour une maille de délibération et de partage de la ressource, cette indifférence au bassin est un défaut.
La présentation des hydro-écorégions et la fiche de la publication source figurent dans l'espace Comprendre.