Une hydro-écorégion (HER) est une portion de territoire homogène du point de vue des facteurs physiques qui commandent le fonctionnement des cours d'eau : la géologie, le relief et le climat. C'est une unité écologique et descriptive, conçue pour classer les rivières en types, pas une circonscription de gestion. La France hexagonale est découpée en 22 hydro-écorégions de niveau 1, précisées par une centaine d'unités de niveau 2 (Wasson et al., Cemagref, 2002).
L'hydro-écorégion sert de socle à la directive cadre européenne sur l'eau (DCE). En croisant la HER avec la taille du cours d'eau, on obtient un type de rivière, et pour chaque type on définit ce que serait un cours d'eau en bon état. L'état écologique d'une rivière se mesure alors comme l'écart à cette référence.
Attention à ne pas confondre trois choses : la HER dit de quel type est une rivière (sa carte d'identité écologique régionale) ; le bassin versant dit où va l'eau ; le grand bassin de l'agence de l'eau dit qui décide. Une hydro-écorégion traverse plusieurs bassins versants : les deux découpages sont transversaux, pas emboîtés.
Réorganiser la gestion de l'eau « à partir des bassins versants » suppose de savoir précisément ce qu'on découpe. La HER est l'outil scientifique qui permet d'affiner ce découpage : on garde le bassin versant comme unité physique, on l'informe par les hydro-écorégions pour l'écologie des milieux, et on projette le tout dans le climat de demain. C'est plus juste que les six grands bassins figés depuis 1964.
[!conseil] Le nombre exact d'hydro-écorégions de niveau 2 varie selon les versions du référentiel et les consolidations cartographiques successives : on rencontre plusieurs chiffres dans la littérature. Mieux vaut citer prudemment l'ordre de grandeur, « 22 de niveau 1 et une centaine de niveau 2 », plutôt qu'un nombre précis.
