Une rivière de plaine calcaire et un torrent alpin ne se jugent pas à la même aune. Pour dire si un cours d'eau va bien, il faut d'abord savoir à quel type il appartient, et à quoi ressemblerait ce type s'il n'était pas perturbé. C'est la fonction des hydro-écorégions : découper la France en portions homogènes du point de vue des facteurs physiques qui commandent la vie des cours d'eau, pour classer les rivières et fixer, pour chaque classe, une référence de bon état. Le découpage fondateur est celui de Wasson, Chandesris, Pella et Blanc (2002), pour le Cemagref.
Une hydro-écorégion est une carte du milieu, pas une circonscription de gestion. Ce point commande tout le reste, et c'est lui qui distingue les HER du bassin versant et des grands bassins des agences de l'eau.
Les HER reposent sur trois facteurs, tenus par la littérature pour les déterminants primaires universels du fonctionnement des cours d'eau : la géologie du substrat, le relief et le climat. La géologie commande la chimie de l'eau et la nature des fonds ; le relief fixe la pente, la vitesse et la capacité de transport ; le climat règle les apports, la température et le régime hydrologique. Faune et flore ne servent pas à tracer les limites : elles en sont les conséquences, et servent à les valider.
Le découpage se lit à deux niveaux emboîtés :
Le nombre 22 pour le niveau 1 est stable dans toutes les sources. Le niveau 2 varie selon les versions du référentiel et les consolidations cartographiques successives : le rapport de 2002 en dénombre 107, la couche diffusée aujourd'hui par le Sandre en compte davantage. Mieux vaut retenir l'ordre de grandeur, une vingtaine au niveau 1 et une centaine au niveau 2, qu'un chiffre précis rencontré sans source.
Une HER fonctionne comme une carte d'identité écologique régionale. Une rivière inscrite dans une HER donnée a des caractéristiques de référence attendues : une gamme de pentes, un substrat, un régime thermique et hydrologique découlant du climat régional. Le croisement de la HER avec la taille du cours d'eau, mesurée par son rang dans le réseau de drainage, définit un type de rivière ; et à chaque type correspond une description de ce que serait ce cours d'eau en bon état.
L'état écologique se mesure alors comme un écart à cette référence, jamais dans l'absolu. C'est exactement la logique qu'impose la directive cadre européenne sur l'eau (DCE, 2000) : évaluer chaque masse d'eau relativement aux conditions qu'elle présenterait sans perturbation humaine. Les HER sont le socle qui rend cette évaluation possible sur tout le territoire, et c'est à ce titre qu'elles ont été reprises par le droit français.
Le point le plus souvent perdu mérite d'être posé nettement. Une hydro-écorégion n'est pas une échelle de gestion. L'eau ne se gère pas « par hydro-écorégion ».
Les HER et les bassins versants sont deux découpages transversaux, non emboîtés : une HER traverse plusieurs bassins versants, et un bassin versant recoupe plusieurs HER. La HER dit de quel type est une rivière ; le bassin versant dit où va l'eau ; le grand bassin de l'agence dit qui décide aujourd'hui. Confondre ces trois questions, c'est prêter le flanc à la caricature du « grand redécoupage technocratique », alors qu'il s'agit d'objets séparables.
Les HER interviennent ici à un double titre.
Elles fournissent d'abord un vocabulaire rigoureux pour parler des rivières françaises sans confondre carte du milieu et territoire de décision. Beaucoup de débats sur l'eau achoppent sur ce glissement ; les HER aident à le tenir à distance.
Elles offrent ensuite un outil de vérification. Le bassin versant reste la maille juste pour décider, parce que c'est là que l'eau circule d'un bout à l'autre. Mais les HER permettent de caractériser ce que contient chaque bassin, de repérer un territoire à milieu homogène d'un territoire composite, et de différencier les objectifs de bon état selon les types de cours d'eau présents. La science du milieu informe la décision sans en dessiner les frontières.
Une réserve, enfin, que les HER portent en elles. Elles ont été tracées sur des normales climatiques anciennes, à une époque tenue pour un état de référence stable. Or le climat se déplace : les enveloppes climatiques migrent vers le nord et remontent en altitude (voir Le climat projeté (Strohmenger et al. 2024)). Le climat étant l'un des trois déterminants des HER, un découpage figé hérite de cette instabilité, là où la géologie et le relief, eux, restent stables à l'échelle du siècle. C'est une raison de plus de tenir les HER pour une carte de connaissance à réinterroger, non pour une limite de gouvernement.
WASSON, Jean-Gabriel, CHANDESRIS, André, PELLA, Hervé et BLANC, Laurence. Les hydro-écorégions de France métropolitaine. Approche régionale de la typologie des eaux courantes et éléments pour la définition des peuplements de référence d'invertébrés. Lyon : Cemagref, 2002, 190 p. Disponible sur : https://hal.inrae.fr/hal-02580774.
Directive 2000/60/CE du Parlement européen et du Conseil du 23 octobre 2000 établissant un cadre pour une politique communautaire dans le domaine de l'eau. JOCE, L 327, 22 décembre 2000.