La biodiversité désigne la diversité du vivant à toutes ses échelles : diversité des écosystèmes (forêts, zones humides, cours d'eau), diversité des espèces (animales, végétales, fongiques, microbiennes) et diversité génétique au sein de chaque espèce. L'eau est le fil conducteur de cette diversité : les milieux aquatiques et humides abritent une proportion de biodiversité bien supérieure à leur surface.
L'artificialisation des sols, la pollution des eaux par les pesticides, les PFAS et les rejets urbains, la destruction des zones humides et le changement climatique sont les principaux facteurs d'effondrement de la biodiversité liée à l'eau. En France, 24 % des espèces d'eau douce évaluées sont menacées (données UICN France).
Protéger la biodiversité, c'est aussi protéger les services que les écosystèmes rendent gratuitement : épuration naturelle de l'eau, régulation des crues, recharge des nappes, pollinisation, stockage du carbone. La gestion à la source et la désimperméabilisation contribuent directement à restaurer ces fonctions écologiques en ville.
