Quand un pesticide se dégrade dans le sol ou dans l'eau, il ne disparaît pas : il se transforme en métabolites. Ces produits de dégradation sont souvent plus mobiles, plus persistants et plus difficiles à détecter que les molécules mères. Ils contaminent durablement les nappes phréatiques et se retrouvent dans l'eau distribuée, parfois à des concentrations préoccupantes.
L'ANSES distingue les métabolites « pertinents » (potentiellement préoccupants pour la santé), qui doivent être intégrés à la surveillance de l'eau potable, des métabolites non pertinents. Beaucoup ne disposent pas de valeur limite de qualité propre : ils sont parfois englobés dans la somme des pesticides totaux (VLQ de 0,5 microgramme par litre), ce qui masque leur présence spécifique. Ils incarnent l'un des angles morts de la réglementation : omniprésents, persistants, suspectés d'effets sanitaires, mais faiblement encadrés.