Le cycle de l'eau est une réalité physique continue : évaporation, condensation, précipitation, infiltration, ruissellement, transfert vers la mer, et retour. Il n'existe qu'un seul cycle ; parler de « grand » et de « petit » cycle comme de deux systèmes séparés crée une confusion que les hydrologues essaient depuis longtemps de dissiper. Dans un bassin versant, l'eau de pluie qui tombe sur une prairie peut s'infiltrer dans la nappe, être absorbée par les racines et transpirée par les feuilles, rejoindre un ruisseau par écoulement souterrain latéral, ou ruisseler directement en surface selon l'état du sol, la pente, la couverture végétale et l'intensité de la pluie. Ces chemins ne sont pas des « cycles » distincts : ce sont des compartiments du même système.
Ce dossier regroupe les définitions relatives aux éléments constitutifs du cycle et aux milieux aquatiques. Il couvre le bassin versant (unité spatiale de référence de l'hydrologie), les eaux de surface (cours d'eau, plans d'eau), les eaux souterraines (nappes libres, nappes captives, aquifères), les zones humides (écotones entre milieu terrestre et milieu aquatique, dont le rôle dans la régulation des débits et la qualité de l'eau est établi), les eaux côtières et les masses d'eau de transition (estuaires, lagunes). Ces catégories ne sont pas seulement taxonomiques : elles conditionnent le régime juridique applicable et les objectifs de qualité fixés par la directive-cadre sur l'eau de 2000.
Les milieux aquatiques abritent des communautés biologiques (invertébrés benthiques, diatomées, poissons, macrophytes) dont l'état est utilisé comme indicateur de la qualité écologique de l'eau. Cette approche biologique de la qualité, introduite par la directive-cadre sur l'eau, représente un changement de paradigme par rapport à la simple mesure de paramètres chimiques : elle suppose que le bon état du milieu vivant est la cible, et que les paramètres physico-chimiques (température, oxygène, nutriments, polluants) en sont les déterminants et les descripteurs. Comprendre cette logique est nécessaire pour lire les rapports d'état des masses d'eau et les plans de gestion des bassins versants.
Les définitions de ce dossier s'appuient sur les textes réglementaires (directive-cadre sur l'eau, code de l'environnement) et sur les référentiels techniques des agences de l'eau et de l'Office français de la biodiversité. Quand des termes font l'objet de débats dans la littérature scientifique (la définition exacte d'une zone humide, par exemple, est l'objet d'une jurisprudence abondante en droit français), cela est signalé.
